十二经脉在腕、踝关节附近各有一个原穴，合为十二原穴。
《难经·六十六难》阐述原穴的意义说：“脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原（气）。三焦者，原气之别使也，主通行三气（上焦、中焦、下焦），经历于五脏六腑；原者、三焦之尊号也，故所止辄为原（穴），五脏六腑之有病者皆取其原（穴）也。”这是指原穴关系到原气，原气来自“脐下肾间”，通过三焦散布于四肢，当其经过和留止的部位。
《灵枢。九针十二原》：“五脏有疾也，应出十二原。十二原各有所出，明知其原，睹其应，而知五脏之在矣。”可以治疗各自所属脏、腑病变，也可以根据原穴的反应变化，推测脏腑功能的盛衰。
近代对经络的研究，也常以原穴作为本经的代表穴。